Bár több mint húsz év telt el megválasztása és lemond(at)ása között, közvetlenül egy percig sem uralkodhatott. Apafi testesítette meg Erdélynek a Habsburg Birodalomba való beolvasztását, hiszen fejedelmi kinevezését még török athnámé pecsételte meg, míg a császár később hasonló módon erősítette meg újdonsült alattvalója fejedelemségét.
Az 1713. február 1-jén elhunyt fejedelem regnálásának legfontosabb vívmánya az I. Lipót császár által kiadott, s az országgyűlésen némi alkudozás után elfogadott Diploma Leopoldinum volt. Így II. Apafi Mihály uralkodása alatt egy, a császár által biztosított, ám egy évtizednél is rövidebb alkotmányos időszak köszöntött Erdélyre.
A kurucok királya
Atyja 1690-es halála után úgy tűnt, hogy a még csak 14 éves ifjú Apafi immár ténylegesen fejedelemmé válhat. Lipót császár ki is jelölte mellé gubernátornak Teleki Mihályt, de uralkodását a török támogatását élvező Thököly Imre fellépése megakadályozta. A magára találó Oszmán Birodalom egy nagyszabású támadást készített elő területei visszaszerzésére, amelynek részeként az országát vesztett Thököly Erdély elfoglalására készült.
II. Szulejmán szultán 1690 júniusában adta át – török és tatár segédcsapatok mellett – athnáméját Nikápolyban a „kuruc királynak”. A később a Rákóczi-szabadságharcban ismertté vált Heissler generális lezárta a szorosokat, azonban Thököly a havasok járhatatlan útjain átjutva augusztus 21-én Zernyestél hátba támadta és megfutamította a császár erőit.
II. Apafi Mihály és kísérete először Kolozsvárra, majd nyugatabbra menekült, míg a diadalittasan Erdélybe vonuló Thökölyt szeptember 15-én fejedelemmé választotta a keresztényszigeti országgyűlés. 22-én Hermann Miklós lutheránus püspök be is iktatta székébe az újdonsült – szintén lutheránus – fejedelmet.
Ezzel párhuzamosan a trónja császári megerősítéséért fáradozó Apafi és környezete megegyezett abban, hogy követséget küld Lipótnak, hogy meggyőzzék a császárt, ne egyszerűen meghódított tartományként kezelje Erdélyt, tartsa meg jogaiban, szabadságaiban, kiváltságaiban, s mindezek nemzetközi garantálására kérték az angol, a porosz, a holland és a svéd protestáns uralkodók bécsi követeit. Thököly ugyanis igen népszerű volt új országában: megerősítette a – négy bevett vallásra vonatkozó – vallásszabadságot, a szultánnak ígért évi 50 ezer aranyra rúgó adójával pedig versenyre sem kelhetett a Habsburgok „ajánlata”.
A Thököly bevonulásáról értesülő, éppen Belgrád alatt harcoló Badeni Lajos már októberben Erdélynek fordította seregét, feláldozván Szerbiát. A harcedzett császári erők elől gyors ütemben menekültek Thökölyék, így a császár gyámkodását élvező Apafi ismét berendezkedhetett Erdélyben.
Azzal a császáriak is tisztában voltak, hogy „csábítóbbá” kell tenni uralmukat a szultánénál, ugyanis míg a Porta a fejedelem személyét kivéve nem szólt bele a belső ügyekbe, addig a Habsburgok abszolutizmusa Magyarországon már megmutatta, hogy mi vár a rendkívül magas, törvényi alap nélkül kivetett adók, a rekatolizáció és a kormányzás Bécsben tartása ellen lázadozókra – Caraffa sem véletlenül kapta az „eperjesi hóhér” gúnynevet.
Caraffa a „monarchia és kereszténység előbástyájaként” emlegetett Erdély fontosabb pontjainak katonai megszállására sarkallta a császárt, mert, mint írta, Erdély nélkül Magyarországot uralni nem lehet.
Lipót császár diplomája
Gróf Bethlen Miklós a már ismét császári uralom alá került Erdélybe hozta vissza a császár törvényjavaslatát, a Diploma Leopoldinumot. A fenti ajánlásokhoz igazodó oklevél megtárgyalására 1691. január 10-én Fogarasban ült össze ismét az erdélyi országgyűlés. Egyik első dolgaként a három erdélyi rend 18-án hűséget esküdött I. Lipót német-római császárnak és magyar királynak, valamint utódjának, Józsefnek. Ezzel a rendek is végleg lemondtak a török uralomról, szuverenitásukat a szultánról a császár-királyra helyezvén.
Thököly második betörését időközben a császári lovasság szorította vissza, biztos hátteret teremtve a lipóti alkotmány elfogadásához. A diplomának megfelelően gubernátornak Bánffy Györgyöt, míg kancellárnak Bethlen Miklóst választották. Az újabb „szokásos nyári” török hadjáratot (amelyet Thököly újabb erdélyi betörése kísért) augusztus 19-én Szalánkeménnél állította meg a keresztény sereg.
A Diploma Leopoldinum némely helyen módosítani kívánt változatát nyolc hónap várakozás után, december 4-i keltezéssel írta csak alá a császár, amit az év utolsó napján az erdélyi rendek is elfogadtak, így a Diploma Leopoldinum második változata Erdély törvényei közé iktattatott
A Diploma II. Apafi Mihályt leginkább érintő része uralkodásának „elhalasztásáról” szólt: „mint tizennégy éves ifju, a törvények szerint (melyek iránt a nemes rendek szent engedelmességgel viseltetnek) huszadik esztendeje előtt a kormányra serdültnek nem tekinthetik”.
A lemondott fejedelem trónfosztása
Apafi Mihály számára a következő négy év politikailag eseménytelenül telt. A felnőtté válás során kiderült, hogy az ifjú tehetséges a tudományok elsajátításában, nem veti meg a bort és a források tanúsága szerint „akaratgyenge”. 19 éves korában nőül vette Bethlen Gergely erdélyi főgenerális lányát, Katát, amihez azonban nem kérte ki gyámja, a császár beleegyezését.
Ez kapóra jött ürügyként a bécsi udvar számára, hogy Apafit félreállítsa, ugyanis igencsak közeledett 1696 októbere – 20. életévének betöltése – és a császár már fel is állította Bécsben az Erdélyi Udvari Kancelláriát; világos volt tehát, hogy Bécs nem egy fejedelmen keresztül látja erdélyi uralmának jövőjét.
II. Apafi Mihály életében az 1696-os év döntő fordulatot hozott. Lipót Veterani császári tábornokkal Bécsbe kísértette, ahol a császár internálta. Ekkor nevezte ki Lipót a később szintén a Rákóczi-szabadságharc alatt ismertté vált francia Rabutin tábornokot Erdély katonai főparancsnokává.
Apafi többé nem tér(hetet)t vissza hazájába, Erdélybe. A császár családi birtokai (köztük sok Gyulafehérvár környéki) eladására kényszerítette és be kellett szolgáltatni szultáni athnáméját a császári levéltárba – Apafi de facto megszűnt fejedelemnek lenni. Erdély török általi visszafoglalásának veszélye a hosszú felszabadító háborúval le is zárult. Bár az 1698 novemberében Karlócánál tárgyalóasztalhoz ülő feleknek a szultán benyújtotta követelését Erdélyt illetően, arra a császár csak a török fogságban lévő Thököly Imre kiadatása és Temesköz átadása esetén lett volna hajlandó. Ezekről a felek kölcsönösen lemondtak.
Apafi 1701. augusztus 31-én mondott le fejedelmi címéről, cserébe a császár birodalmi herceggé nevezte ki és évi kegydíjat utalt ki a részére. Mint ismeretes, 1703-ban újabb vészterhes korszak köszöntött Magyarországra és Erdélyre, amely folyásáról a volt fejedelem csak a Bécsbe eljutó hírekből értesült. 1704-ben a gyulafehérvári országgyűlés II. Rákóczi Ferencet választotta Erdély fejedelmévé, majd 1707-ben, Rákóczi marosvásárhelyi beiktatásakor Apafi leváltását is becikkelyezték.
Bár II. Apafi Mihályt az utolsó erdélyi fejedelemként szokás emlegetni, ez a cím jogilag II. Rákóczi Ferencet illeti, igaz, neki sohasem sikerült egész Erdélyországra kiterjesztenie uralmát. Apafi még megélte a szatmári békekötést, amely után az erdélyi fejedelmi cím a német-római császárra és a magyar királyra szállt át, de így is csak a perszonálunió „egyesítette újra” Magyarországot és Erdélyt, amely távolabb került ekkor az „anyaországtól”, mint Horvát-Szlavónország. Apafi feleségét követve, 1713. február 1-én halt meg Bécsben. Fiú utódja nem révén, kihalt családja, amely két fejedelmet adott Erdélynek.
