Darwin rettegett attól, hogy az isteni teremtés megkérdőjelezése óriási felzúdulást vált ki, azért is várt sokat A fajok eredete publikációjával, de az elméletet a közhiedelemmel szemben viszonylag jól fogadta a bigottnak és maradinak tartott viktoriánus kori közvélemény.
Darwinban ugyanis már a házasságkötésük előtti években elkezdett formálódni az elmélet, és sok álmatlan éjszakát okozott neki, hogy gondolatait hogyan egyeztesse össze vallásos hitével. Kételyeiről, vívódásairól be is számolt leendő feleségének, Emmának, mielőtt házassági ajánlattal állt elé, mivel úgy érezte, az erős unitárius hittel rendelkező nőnek ismernie kell a kételyeit, mielőtt összeköti vele életét.
E nyíltságban nyilván sokat segített az, hogy Charles és Emma (felesége Emma Wedgwood néven született) gyerekkoruk óta jól ismerték egymást, ugyanis unokatestvérek voltak, a Darwin és a Wedgwood család pedig közeli kapcsolatban állt.
Emma alapvetően jól fogadta Darwin szkeptikus gondolatait, de azért ő is félt attól, hogy eltérő nézeteik később éket verhetnek közéjük.
Darwin azért nem osztott meg mindent választottjával. Hagyatékából előkerült több feljegyzése is, amelyekben a házasság előnyeit és hátrányait írta össze magának, igazi tudósként elemezve a döntés következményeit. A hátrányok főleg a szabadságának elvesztéséhez kapcsolódtak. „Beszélgetések bölcs férfiakkal klubokban; olvasás esténként” – sorolta egy helyen, miközben attól is tartott, hogy családfenntartóként elsősorban a pénzért kell majd dolgoznia, és nem teheti meg azt, hogy a saját feje után menve csak a tudományos szempontokat követi, vagy hosszú tanulmányutakra megy.
A végül 185 éve, 1839. január 29-én megkötött házasság – amennyire ez utólag megítélhető – boldogra sikeredett. A pár az egybekelés után is hosszas beszélgetéseket folytatott teológiai kérdésekről, Emma pedig elfogadta, hogy férje később egyre nyilvánvalóbban eltávolodott a hitétől (főleg Anna lányuk kilencéves korában bekövetkezett halála rengette meg Darwin vallásos elkötelezettségét, ezután már sem a túlvilági létben, sem a megváltásban nem hitt, egy idő után már templomba sem járt), bár az evolúció elméletét egyikőjük sem tartotta alapvetően összeegyeztethetetlennek Isten létével.
Charles Darwin olyannyira bízott nejében, hogy még kiadatlan főművének gondozásával is Emmát bízta meg arra az esetre, ha vele valami történne.
Tíz gyerekük született, közülük heten érték meg a felnőttkort. Az már talán a sors furcsa fintora, hogy gyermekeik gyakori betegeskedéseit, illetve azt, hogy közülük csak hármuknak született saját gyereke, a mai – természetesen az evolúciós elmélet alapjain felnőtt genetika tudományát használó – tudósok egyértelműen arra fogják, hogy a szülők közeli rokonsága káros hatással volt az utódok génkészletére.
