A terv az volt, hogy két űrhajót küldenek Föld körüli pályára. A Szojuz–1, benne Komarovval, indult volna először, és egy napig várta volna a fantáziátlan nevű Szojuz–2 érkezését. Az űrhajók ezután találkoztak volna, és Komarov űrsétát tett volna, kimászva saját űrhajójából a Szojuz–2-be. A Szojuz–2 fedélzetén tartózkodó két űrhajós egyike ezután belép a Szojuz–1-be, mielőtt mindkét űrhajó elindulna a Föld felé.
Állítások szerint – bár erősen vitatottak – már hónapokkal a tervezett indítás előtt nyilvánvalóvá vált, hogy az nem fog jól sikerülni. A Starman: The Truth Behind the Legend of Yuri Gagarin című könyv szerint, amikor Jurij Gagarin és más vezető technikusok átvizsgálták az űrhajót, 203 szerkezeti problémát találtak, amelyek közül néhány veszélyessé tette volna, ha az űrhajót az űrbe küldik.
Állítólag egy 10 oldalas feljegyzést készítettek a hibákról. A feljegyzést senki sem vitte el Leonyid Brezsnyev vezetőnek, valószínűleg attól való félelmében, hogy a saját nevét is hozzáadják a küldetés halálos áldozatainak számához.
A Starman szerzői szerint, akik interjút készítettek Venyamin Russayevvel, a KGB Gagarin ügynökével, Komarov barátai megpróbálták meggyőzni, hogy utasítsa vissza az űrhajó vezetését. Komarov nem volt hajlandó kiszállni, tudván, hogy ez valószínűleg a halálát jelentené. Ehelyett Komarov egy kisebb bosszúhadjáratot tervezett azokon, akik a halálba küldték. Állítólag azt kérte, hogy ha bármi baj történne, akkor nyitott koporsós temetésben részesüljön.
A kilövés napján Gagarin nem a szokásos protokoll szerint cselekedett, és nyomóruhát követelt, és hogy beszélhessen Komarovval. Lehetséges, hogy megpróbálta késleltetni a kilövést ahhoz, hogy töröljék, de ha ez volt a terve, akkor nem jött be. Komarovot elindították, ott azonban a dolgok gyorsan rosszra fordultak, amikor az egyik napelem nem nyílt ki, így az űrhajónak nem volt elég energiája.
Az űrügynökség elrendelte a leszállását, de a kapszulája pörögni kezdett. Nem tudta szabályozni a magasságát, és nem tudta az űrhajó alját a föld felé fordítani, ami azt jelentette, hogy a leszállórakéták nem tudták tompítani a landolást. Ehelyett egyenesen lefelé zuhant, és egy 2,8 tonnás meteorit erejével csapódott a földbe.
A Starman szerint Komarov utolsó szavait a törökországi amerikai rádióállomások is fogták: „Ez az ördögi hajó! Semmi, amire ráteszem a kezem, nem működik rendesen”, valamint dühkiáltásokat adott ki, miközben a halálba zuhant.
A hivatalos szovjet átiratok szerint, bár nem szabad őket készpénznek venni, Komarov utolsó szavai a következők voltak: „Kiválóan érzem magam, minden rendben van”, majd hozzátette: „Köszönöm, hogy mindezt közvetítették. A szétválasztás megtörtént.”
Az események ezen verziója szerint Komarov akkor zuhant a halálba, amikor a földi irányítás megpróbálta helyreállítani a kapcsolatot. „Rubin, itt Zarya, hogy hallasz engem? Vége” – olvasható a jegyzőkönyvben
