Onoda egy elszegényedett szamuráj család ötödik gyermekeként született 1922. március 19-én Kainanban. Fiatal korában sokat kendózott, ami valószínűleg nagyban hozzájárult, hogy ősei harcos útját kövesse. Mindössze 17 éves volt, amikor a megszállt Vuhanba ment, hogy pénzt keressen. Itt könyvelői állást kapott és elkezdett kínaiul is tanulni. A második világháború során 1942-ben – ekkor volt 20 éves – jelentkezett a Japán Birodalmi Hadseregbe. Kiképzése során gerilla-hadviselést, propagandát, filozófiát, történelmet és harcművészeteket is tanult. 1944-ben – immár hadnagyként – a Fülöp-szigetekhez tartozó Lubang szigetére vezényelték egy különleges egységgel.
A parancsa világos volt: meg kellett akadályozni a szövetséges erők előrenyomulását bármi áron.
Ehhez az is hozzátartozott, hogy csak akkor fejezhetik be a harcot, ha az elöljárójuk személyesen elmegy hozzájuk és azt parancsolja.
Arról, hogy az Egyesült Államok két atomtámadását követően Japán is letette a fegyvert, Onoda mit sem tudott. Ugyan szórtak szét a szigeten erről röplapokat, de ő ezt ellenséges dezinformálásnak gondolta. Így 1945 augusztusának második felében a három főből álló csapatával a sziget belsejébe ment, hogy gerillaakciókkal zavarja az „ellenséget.”
A hozzátartozóik kérésének sem engedelmeskedtek, és tűzharcot vívtak a rendőrökkel
A csapat létezésére négy évvel később derült fény, amikor az egység egyik tagja megszökött és feladta magát a járőröző filippínó rendőröknek. Nem sokkal ezután az egység családtagjaitól származó üzeneteket dobtak le repülőgépekből szerte a dzsungelben, de ez sem győzte meg a karakán tisztet.Az erdőben található gyümölcsöket ették, illetve állatokat raboltak a lakosságtól. Ennek hatására természetesen a rendőri járőrözés is megerősödött és először 1954-ben Shoicsi Simadát, majd 1972-ben Kinsicsi Kozukát egy rendőrséggel folytatott tűzharcban lelőtték. Így az utolsó két évet Onoda már egyedül töltötte.
A hadnagyot ekkor már hazájában halottnak nyilvánították, ám egy Szuzuki Norio nevű fiatalember élete céljának tekintette, hogy megtalálja a közel három évtizede eltűnt katonát. Ez csodával határos módon sikerült is neki. Onoda meglepően nyitott volt, sokat beszélgettek, azonban Szuzuki unszolására sem volt hajlandó befejezni a harcot, továbbra is felettese személyes parancsára várt.
Ez a tiszt nem volt más, mint Tanigucsi Josimi őrnagy, aki szerencsére túlélte a háborút és könyvárusként dolgozott. Az őrnagy repülőre szállt és felkereste egykori beosztottját. Ezután felszólította a megadásra és a hazaindulásra. Onoda és egysége megközelítően 30 embert ölt meg akcióik során, így Japán amnesztiát kért neki, amit meg is kapott. Hazatérésekor hősként ünnepelték a katonát, aki a parancsot mindenáron teljesíteni akarta.
