A hetednapi adventisták szanatóriumát vezette a michigani Battle Creekben, és őszintén vallotta egyháza szószólóinak vegetáriánus, antialkoholista és dohányzásellenes nézeteit, híve volt a gyakori beöntésnek és a rendszeres testmozgásnak.
A szexuális önmegtartóztatást is követendő útnak tartotta, feleségével nem hálta el a házasságát, mégis összesen 42 gyereket neveltek, nyolcat közülük örökbe fogadtak. Erős fenntartásai voltak az önkielégítéssel kapcsolatban, erről sokat írt, sőt képzett sebészként személyesen is végrehajtott körülmetéléseket, a női és férfi nemi szerveken végzett fizikai és kémiai csonkításokat.
A Kelloggék által kifejlesztett ételek szándékosan ízetlenek, egyszerűek voltak, hogy megfeleljenek a közösségben is uralkodó nézeteknek: az erős ízek (szexuális) vágyakat gerjesztenek, és ezt érdemes elkerülni. A fivérek személyes és üzleti összetűzésbe keveredtek, amikor William a nagyobb kereskedelmi forgalom érdekében cukrot is tett volna a 19. század végén piacra dobott gabonapehelybe, hogy azt ízletesebbé tegye.
Ezt követően elváltak útjaik, üzleti érdekeltségeiket elhatárolták, William vitte tovább a gabonapehely-üzletágat, sokat költött hirdetésekre és globális céggé növesztette a vállalatot. John szójatermékeket árusított, és az 1907-es szakításig az adventisták híve maradt, panteistának tartott nézetei miatt mégis megbélyegezték. Kizárták ugyan az egyházközösségből, de 1943-ban, vagyis 91 éves korában bekövetkezett haláláig tovább vezette a szanatóriumot.
