Mehmet Ali Ağca 1981. május 13-án 17 óra 17 perckor lőtt rá a katolikus egyházfőre, aki éppen audienciát tartott a Szent Péter téren összegyűlt több ezer hívő előtt.
A merénylő 9 mm-es Browningjának négy golyója a pápát találta el, további kettő pedig megsebesített két turistát.
A vatikáni biztonsági szolgálat vezetője több hívő – többek között egy apáca – segítségével azonnal elfogta Ağcát, míg az egyházfőt súlyos sérülésekkel szállították kórházba.
Bár vérállománya mintegy háromnegyedét elveszítette, a többórás műtét sikeresnek bizonyult. Ağcát 1981 júliusában életfogytiglani börtönbüntetésre ítéltek.
A merénylet háttere máig homályos, a szakértők szerint könnyen elképzelhető, hogy – Ağca vallomásának megfelelően – a KGB és a bolgár titkosszolgálat is érintett volt az ügyben.
II. János Pál ugyanis nem rejtette véka alá antikommunizmusát, ez pedig nem sokkal a pápa hazájában, Lengyelországban történt viharos események után, a hidegháborús feszültségek ismételt fellángolásának időszakában elegendő indokot jelenthetett a népszerű egyházfő félreállítására.
Akárhogyan is történt, a pápa már rögtön a merénylet után megbocsátott Ağcának, akit 1983-ban cellájában is meglátogatott. A muszlim merénylő még börtönévei alatt áttért a katolikus hitre.
2000-ben II. János Pál közbenjárására amnesztiával szabadult, ám hazájában, Törökországban egy korábbi gyilkosság miatt ismét leültették. 2010-ben, immár új emberként szabadult véglegesen börtönéből.
