A megállapodás ugyan arra az esetre is vonatkozott, ha Jánosnak időközben fia születne – őt egy német hercegséggel kárpótolta volna Ferdinánd –, azonban nyilvánvalóan egyszerűbb volt a helyzet úgy, hogy az ekkor már 51 éves Szapolyainak nemhogy fiú utódja, de még felesége sem volt.
Az egyezmény aláírását követően döntő fordulatra került sor: János ugyanis megházasodott. Arája I. Zsigmond lengyel király éppen csak húszéves lánya, Jagelló Izabella volt.
Zsigmondnak tudnia kellett, hogy ez a házasság alaposan felkavarja az állóvizet. A feltételezések szerint az ötlet Jan Tarnówskitól, Zsigmond egyik befolyásos emberétől, illetve Fráter Györgytől, János első számú tanácsadójától származott. Biztosan szerepet játszott az a tény is, hogy Zsigmond felesége Szapolyai húga, Borbála volt.
Maga a menyegző egyébként minden különösebb incidens nélkül zajlott le.
Miután még 1539. január végén Krakkóban, János távollétében sor került egy jelképes esküvőre, Izabella Magyarországra indult, és néhány nappal Budára érkezése után, február 23-án sor is került a kettős ünnepség első felére, a házasságkötésre – március 2-án aztán magyar királynévá is koronázták a lengyel hercegnőt.
Miközben Izabelláról egy szemtanú úgy nyilatkozott, „száz nyelv sem tudná testi-lelki adományait és szépségét kellően jellemezni”, János díszes ruháiban is megfáradt öregember benyomását keltette mellette. „Roskadozó, beteges, nehézkes járású, kit csak a ruha, a méltósággal viselt királyi tekintély, okos beszéde és leereszkedő nyájas modora emelt ki a környezet fölé. Arcza beesett, tekintete a sok gondtól és szenvedéstől bánatos, bajusza, szakálla, vállig érő haja szürke, amint már egy ötvenes emberé szokott lenni” – foglalta össze a korabeli beszámolókat a 20. század elején Veress Endre történész.
Nem mintha mindez különösebben szokatlan lett volna egy korabeli dinasztikus házasság esetén, viszont az már rendkívüli volt, hogy másfél év sem telt el a házasságból, és máris fiúgyermeke született a párnak, hogy aztán a király két héttel később ki is lehelje a lelkét.
Fráter György nem késlekedett, János halálos ágyán tett kijelentésére hivatkozva feleskette a csecsemő János Zsigmondra a Szapolyai-párt nagy részét. A váradi egyezmény ezzel semmissé vált, Szulejmán szultán pedig kapott az alkalmon, hogy János Zsigmond és Izabella támogatásával erősítse meg befolyását az országban.
1541-ben már Budát is elfoglalta, és ezzel állandósult az ország megosztottsága.
