Az épületek körülbelül 100 szigetet foglalnak magukba egy lagúnában, amelyet a korallzátonyok vesznek körül. A város jelentősége és titokzatossága azt eredményezte, hogy számos legendával és mitológiával övezve van. Egyesek szerint a várost egy isteni király, Isokelekel építette a misztikus varázserejének segítségével. Mások úgy vélik, hogy Nan Madol egy hatalmas temető, amelyben az ősi királyok és nemes emberek nyugszanak.
A Nan Madol épületeinek építéséhez több ezer faragatlan oszlopot kellett ideszállítani. Az egyik alapkő súlyát 50 tonnára becsülik. Összes épület egy építészeti rejtély, mivel nem lehet tudni, hogyan szállították ide a hatalmas kőtömböket. Egy egyszerű tutaj nem bírná el ezeket, és a legközelebbi bazalt lelőhely is több kilométerre van innen.
Az építési módszere körül rengeteg legenda és feltevés kering. Egyik legenda szerint két testvér több évszázaddal ezelőtt varázserőt kapott az istenektől, amivel el tudták repíteni a nehéz köveket az építkezési területre. Más vélemény szerint Pohnpein egyszer fejlett civilizáció élt, akik ismerték a hanghullámok irányításának titkát, és ezáltal tudták mozgatni és emelni a hatalmas kődarabokat. A legelfogadottabb feltevés az, hogy az elhagyatott város több ember munkájával és nagyon hosszú idő alatt épült fel.
Az egyik legnagyobb misztikum Nan Madol körül az, hogy mit rejt az ősi pohnpei mitológia. A helyiek szerint a városban titokzatos erők és szellemek élnek, akik segítették az építést és a várost körülvevő területet. A mítoszok szerint a várost felsőbbrendű lények építették.
A másik legnagyobb rejtély a Nan Madol körül talán az, hogy miért hagyta el az ősi lakosság a várost. A legutóbbi adatok szerint a város elhagyása kb. 1500 körül történt, de nincsenek megbízható források arról, hogy mi indította ezt el. Néhány elmélet szerint természeti katasztrófák vagy élelmiszerhiány okozhatja a lakosok kivándorlását, míg mások az elárvulás és a társadalmi rendellenességek teóriáit vetették fel. A pontos okokat azonban még mindig nem sikerült megfejteni.
A város a korallzátonyok miatt veszélyeztetve van, amelyek elkezdték bontani a köveket. A tengeri vízszint emelkedése és a klímaváltozás hatására Nan Madol további veszélyben lehet.
Nan Madol 2016-ban a Világörökség részévé vált, és azóta turisták ezrei látogatják évente, hogy felfedezzék ezt a lenyűgöző ősi várost. A látogatók rácsodálkoznak a hatalmas kőépületekre és a rejtett történelemre, amelyekből a város szövetsége indult. Nan Madol valóban egyedülálló és elbűvölő hely, amely lenyűgözi az embereket generációk óta. Az ókori város rengeteg titkot rejt magában, amelyek közül néhányat még mindig nem sikerült megfejteni.
