1811 március 20-án, mindössze 19 éves édesanyja oldalán, Napóleon Francois egy ígéretes jövő hírnökeként látta meg a napvilágot. Apja diadalai azonban ekkorra már az összeomlás szélén álltak. I. Napóleon dicsősége, melyet Ausztria, Oroszország, Poroszország és a kisebb német államok, valamint Lengyelország hadseregeinek legyőzése jelentett, végül tragikus véget ért. A császár ambiciózus terve, hogy meghódítsa Oroszországot, 1812-ben katasztrofális eredménnyel zárult. Az orosz hadjárat hatalmas vereséget jelentett számára. Véglegesen a háború kimenetele akkor alakult számára katasztrófává, amikor Nagy-Britannia és a „hatodik koalíció” többi tagja – Ausztria, Oroszország, Poroszország, Svédország és más államok – összefogtak Napóleon ellen. Svédország, amelyet egykor Napóleon egyik marsallja, Bernadotte irányított, aki Napóleon jóváhagyásával vette át a svéd trónt, most ellene fordult. A koalíció erejével szemben Napóleon egyre inkább szorult helyzetbe került.
Napóleonnak sikerült egybetartania seregét 1813-ban a lipcsei „nemzetek csatája” során, de a következő hónapokban kénytelen volt visszavonulni, egészen Párizsig. 1814 áprilisában végül lemondott a trónról, kezdetben fiának, kis Napóleonnak adva át a hatalmat. Azonban a koalíció ezt nem fogadta el, és április 6-án Napóleont száműzték Elba szigetére, ahol saját magát császárrá nyilvánította.
Marie Louise, Napóleon felesége és fia, kis Napóleon visszatértek II. Ferenc osztrák császár udvarába. A császár soha többé nem találkozott a fiával. Miközben Napóleon száműzetésben élt, a felesége és fia számára egy új élet kezdődött Ausztriában.
1815-ben Napóleon visszatért Franciaországba, ahol a hadsereg gyorsan őt támogatva, mellé állt. Franciaország nem akarta visszaállítani a régi rendet, a Bourbonok uralmát. Napóleon követelte fia visszatérését, ám ekkor a „hatodik koalíció” minden egyes tagja hivatalosan törvényen kívül helyezte őt. Ez indította el a híres „Száz napot”. A dicsőséges „Száz nap” 1815 júniusában ért véget, amikor Napóleon a waterlooi csatában súlyos vereséget szenvedett. A csata után ismét lemondott a trónról fiának javára, de ezt az európai uralkodók nem ismerték el. XVIII. Lajos, a Bourbon-ház tagja, visszatért a trónra. Napóleont először Szent Ilona szigetére száműzték. Itt töltötte el hátralévő életét, és 1821-ben itt hunyt el. Bár az uralkodó számára a száműzetése és a halála volt a vég, Napóleon története mégsem ért véget ezzel.
Csak 1830 után, a francia forradalom utóhatásaként, amely véget vetett Bourbonok uralmának, került sor Napóleon méltó tiszteletadására. 1840-ben Napóleon holttestét visszavitték Franciaországba, és Párizsban végső nyughelyére helyezték. Az akkori Franciaország számára Napóleon továbbra is a történelem meghatározó alakja maradt.
A kis Napóleon az osztrák udvarban „Franzként” vált ismertté. Franz, életét az osztrák császári udvarban fogságként élte meg, az osztrák udvar bizalmatlansága meghatározta sorsát. Amikor bonapartisták a francia trónra akarták emelni, a politikai intrikák miatt rövid karrierje Ausztriában is megtört.
Édesanyja, Marie Louise újabb házassága, és a családon belüli bonyodalmak Franz életében további feszültségeket okoztak. Marie Louise, férje bukása és száműzetése után gyorsan elfordult a Bonaparte-család örökségétől, és az osztrák udvar biztonságát választotta. Napóleon 1821-es halála után alig néhány hónappal újra férjhez ment Adam Adalbert von Neipperg grófhoz, egy osztrák diplomata-katonához. Bár ez a házasság hivatalosan Napóleon halála után köttetett, a történészek szerint a kapcsolat jóval korábban kezdődött, sőt, két törvénytelen gyermekük is született, miközben Napóleon még életben volt. Ez a botrányos helyzet nemcsak az osztrák udvarban okozott kellemetlenséget, hanem Franz életére is sötét árnyékot vetett.
Franz egyre inkább elszigetelődött édesanyjától és mostohaapjától. Az osztrák udvarban nevelték, ahol apja hírneve és politikai öröksége miatt bizalmatlanul tekintettek rá. Bár katonai karrierjét támogatták, valójában az osztrák udvar inkább korlátozni akarta őt, hogy ne váljon politikai veszélyforrássá. Édesapja öröksége és a katonai stratégia iránti érdeklődése nyilvánvaló volt már gyermekkorában is. Mindössze 12 évesen osztrák tiszti kadéttá nevezték ki, amely egyértelmű jele volt annak, hogy a Habsburg udvar lehetőséget kívánt biztosítani számára, de szigorúan korlátok között tartva.
Franz tisztként való kinevezése és nevelése az osztrák hadsereg kötelékében kezdődött. Kiemelkedő teljesítménye és fegyelme révén hamarosan egy osztrák csapatzászlóalj parancsnokává vált. E pozíciójában sikeresen irányította az egységét, és bizonyította rátermettségét a katonai vezetésben. Bár harctéri tapasztalatok megszerzésére nem nyílt lehetősége, rövid katonai pályafutása során felettesei nagyra értékelték tehetségét és elkötelezettségét.
Egészségi állapotának gyors romlása is közrejátszott abban, hogy katonai pályafutása rövidre szabott lett. A tuberkulózis, amely fiatalon elragadta, megakadályozta, hogy apja örökségét katonai diadalokkal folytathassa. Franz ígéretes katonai pályája így a kezdeti sikerek ellenére befejezetlen maradt, és inkább a tragédia, mintsem a dicsőség fémjelezte. II. Napóleon katonai karrierje tehát nem a harcmezőkön, hanem a politikai sakkjátszmák árnyékában zajlott, amely végül korai halálához és örökségének csendes elhalványulásához vezetett.
Franz életének egyik legnagyobb fájdalma talán az volt, hogy nemcsak politikailag, de érzelmileg is magára hagyták. Anyja és mostohaapja új családja mellett Franz csupán egy távoli, bár nemes múltra emlékeztető árnyékként létezett az osztrák udvarban. Ez az érzelmi elhagyatottság, valamint az intrikák és megosztottság a Bonaparte-hagyaték körül hozzájárult fiatalon bekövetkezett halálához. Marie Louise hűtlensége és az osztrák udvar rideg bánásmódja így együttesen rajzolta meg Franz sorsának tragikus ívét, aki soha nem tudott kitörni az apja által hagyott hatalmas, de terhes örökség árnyékából, és mindössze 21 évesen, 1832. július 22-én elhunyt.